Pour Tôkyô-Kyôto, le moins cher c’est le bus de nuit, c’est aussi le plus long mais il suffit de dormir. Mais c’est clair qu’il faut voir sur l’ensemble du voyage ce qui est le plus rentable.
Le Japan Rail Pass restant quand même ce qu’il y a de mieux quand on prévoit de faire beaucoup de km rapidement. J’avais pris un 7 jours cet hiver largement amorti (environ 220€ je crois) en passant par Tôkyô, Kyôto, Ôsaka, Hakone, Himeji, Hiroshima et Miyajima (ça marche même pour le bateau). Après il y a aussi le Japan Air Pass qui permet d’avoir des tarifs supers intéressants sur les vols intérieurs pour aller pourquoi pas bronzer sur les plages d’Okinawa. 
EDIT : Pour Narita-Tôkyô, il y a une navette qui conduit directement au centre de Tôkyô. C’est ce qu’il y a de plus pratique avec les valises.
